Sirkenin tarihi de neredeyse şarap kadar eskidir. Aslında sirke ekşimiş şaraptır. Muhtemelen 10 bin yıl önce tembel bir şarap imalatçısı, şarabı yaparken uzun süre bekleterek hava almasına, sonucunda da ekşimesine sebep olmuştur. Böylece bilmeden, rastlantıyla sirkenin kâşifi olarak tarihe geçmiştir. Binlerce yıl her medeniyet değişik meyve, sebze ve hububattan kendi usullerince sirke yapmış ama sirkeleşmenin ne olduğu ancak çeçen yüzyılın başlarında anlaşılabilmiştir.
Genellikle sirkenin sadece salatalarda, turşularda, salçalarda, gıda maddelerinde kullanıldığı sanılır. Hâlbuki tarihe bakıldığında sirkenin asırlar boyu tıbbın hizmetinde olduğu görülür. Milattan yaklaşık 400 yıl önce tıbbın babası Hipokrat’ın hastalarına sirkeyi ilaç olarak tavsiye ettiği biliniyor.
Sonraları doktorlar sirkeyi nefes açıcı olarak akciğer rahatsızlıklarında, cilt hastalıklarında, incinme ve burkulmalarda, ateş düşürmede ve iç kanamaların tedavilerinde yaygın olarak kullanmışlardır. Romalı askerler sirkeyi içme sularına dezenfektan olarak koyarlarmış. Hatta Hannibal’in Alp dağlarını sirke sayesinde aştığı bile rivayet edilir. Hannibal yoluna çıkan kayaları önce ateş yakarak ısıtmış sonra üzerlerine sirke sürmüş, çatlayan ve ufalanan kayaları da yolu üzerinden kolayca kaldırmış.
Sirkenin tarih boyunca en önemli kullanım alanı ise yiyeceklerin muhafazasında olmuştur. Bugün insanlar sirkeyi hâlâ günlük yaşamda, alna sirkeli bez koyarak ateşi düşürmede, ağrı gidermede, temizlikte pasları çözmede , yabani otları öldürmede kullanılıyor.
